Дія аніме відбувається в світі досить схожому на середньовічну феодальну Японію. На території країни в таємних місцях сховано кілька соперничающих шкіл-сіл, де готують ніндзя / синобі. Головний герой - колоритний і запальний хлопець по імені Наруто Узумакі (Naruto Uzumaki). Він живе в одній з таких сіл. Коли він був маленьким, на село напав могутній демон - Дев'ятихвостого лис. Демона зуміли перемогти, але його силу довелося запечатати в дитині, в Наруто. З тих пір між Наруто, чиї батьки загинули під час сутички, і іншими жителями села пролягла тінь відчуження й страху!

У світі Наруто непомітно промайнули два роки. Колишні новачки поповнили ряди досвідчених шинобі в ранзі тюнінів і джонінів. Головні герої не сиділи склавши руки - кожен став учнем одного з легендарних санінів - трьох великих ніндзя Конохи. Хлопець у помаранчевому продовжив навчання у мудрого, але ексцентричного Джирайі, поступово сходячи на новий щабель бойової майстерності. Сакура висунулася в помічниці та довіреної особи цілительки Тсунаде - нового вождя Селища Листя. Ну а Саске, чия гординя призвела до вигнання з Конохи, приєднався до тимчасового союзу зі зловісним Орочімару, причому кожен вважає, що лише використовує іншого до певного часу.
Короткий перепочинок закінчився, і події в черговий раз розгортаються з ураганною швидкістю.
У Коносі знову проростає насіння старих чвар, посіяні першими хокаге.
Таємничий лідер Акацукі привів у дію план набуття світового панування.
Неспокійно у Селі Піску і сусідніх країнах, скрізь спливають старі таємниці, і стає зрозумілим, що таки доведеться за все розплачуватися.
Довгоочікуване продовження манги вдихнуло нове життя в серіал і нову надію в серця незліченних фанатів!